L'inscription de l'IRMC dans des réseaux externes pluridisciplinaires et comparatifs, constamment renouvelés au fil des programmes, mais néanmoins capitalisés, constitue l’une de ses richesses. L’Institut développe simultanément quatre niveaux de partenariats, concrétisés dans le cadre de ses actions de recherche, et par le biais des membres extérieurs qui y sont rattachés :

- Le développement des liens avec les laboratoires des universités et des institutions de recherche dans le domaine maghrébin sur l’ensemble du territoire français ;
- Le positionnement institutionnel dans la coopération franco-tunisienne et les rencontres interinstitutionnelles avec les laboratoires de recherche des universités tunisiennes et les centres de recherche, tant dans les régions qu’à Tunis ;
- La coopération régionale et transversale avec les institutions de recherche du Maghreb, en Algérie, en Libye voire en Mauritanie, et au Maroc par le partenariat avec le Centre Jacques-Berque de Rabat.
- La mise en réseau avec les institutions des pays européens autres, travaillant sur le Maghreb, notamment l’Italie et l’Espagne.

Les actions scientifiques de l’Institut ont vocation collective. Des réunions de programmes, journées d’études et séminaires ou sessions doctorales ont été ainsi organisées jusqu’à aujourd’hui avec différentes institutions dont entre autres :

ALGERIE
• la Faculté des sciences sociales et humaines et de Bouzaréah, Alger
• le Centre National de Recherche en Anthropologie Sociale et Culturelle (CRASC) d’Oran 
• l'Université du 20 août 1955, Skikda

franceFRANCE
• Institut d'études de l'Islam et des sociétés du monde musulman (IISMM), Paris
• Ecole des hautes études en sciences sociales (EHESS), Paris
• Institut national des langues et civilisations orientales (INALCO), Paris
• Laboratoire équipe monde arabe et Méditerranée (EMAM) du CITERES, Tours
• Groupe de recherches et d'études sur la Méditerranée et le Moyen-Orient (GREMMO), Tours
• Maison méditerranéenne des sciences de l'Homme (MMSH), Aix-en-Provence
• Laboratoire méditerranéen de sociologie (LAMES), Aix-en-Provence
• Institut de recherches et d'études sur le monde arabe et musulman (IREMAM), Aix-en-Provence
• Université d'Aix-Marseille, Aix-en-Provence-Marseille
• Université Toulouse II-Le Mirail, Toulouse
• Université d'Evry-Val-d'Essonne, Evry

IfreIFRE / écoles françaises

• Centre Jacques Berque (CJB), Rabat
• Institut français du Proche-Orient (IFPO), Beyrouth
• Centre d'études et de documentation économiques, juridiques et sociales (CEDEJ), Le Caire
• Ecole française de Rome, Rome
• Casa de Velazquez, Madrid

italieITALIE
• Università degli Studi de Bari Aldo Moro, Bari 

LIBYE
• le Centre des Archives nationales et des Etudes historiques (ex Markaz el Jihad), Tripoli

palestineTERRITOIRES PALESTINIENS
• Université de Beir Zeit, Ramallah
 
 
L'IRMC au bien évidemment également noué de nombreux partenariats avec des institutions tunisiennes depuis 1992 :

tunisieTUNISIE
• Archives nationales de Tunis (ANT)
• Association tunisienne d’anthropologie sociale et culturelle (ATASC)
• Bibliothèque Nationale de Tunisie (BNT)
• Center for Arab Women Training and Research (CAWTAR)
• Centre d’Etudes et de Recherches Economiques et Sociales (CERES)
• Centre de Recherches, d’Etudes, de Documentation et d’Information sur la Femme (CREDIF)
• École Nationale d’Architecture et d’Urbanisme (ENAU)
• École Supérieure des Communications (SUP’COM)
• Faculté de droit et des sciences politiques de Sousse
• Faculté des Sciences Humaines et Sociales de Tunis
• Institut de Presse et des Sciences de l'information (IPSI)
• Institut National de la Recherche Agronomique de Tunisie (INRAT)
• Institut National du Travail et des Etudes Sociales (INTES) (Université de Carthage) 
• Institut Supérieur d’Histoire de la Tunisie Contemporaine (ISHTC)
• Institut Supérieur des Sciences Humaines de Tunis (ISSHT)
• Institut Supérieur du Sport et de l’Education Physique (ISSEP) de Ksar-Saïd
• Laboratoire DIRASET-Etudes Maghrébines (Université de Tunis)
• Observatoire National de la Jeunesse (ONJ)
• Office National de la Famille et de la Population (ONFP)
• Observatoire National du Sport (ONS), (ministère de la Jeunesse et des Sports)
• Université de Carthage
• Université de La Manouba
• Université de Sousse